Sin embargo, la enfermedad infecciosa debe entenderse como sólo una de las posibles consecuencias de la interacción entre microorganismos y huéspedes. En realidad, existen pocos microorganismos capaces de provocar una enfermedad infecciosa en cualquier tipo de huésped y en cualquier situación. Además, nuestro organismo está desde su nacimiento no sólo en contacto con un ambiente rico en microorganismos, sino poblado o colonizado por un número de células de microorganimos superior al de nuestras propias células. La mayoría pues de microorganismos están en nuestro propio cuerpo y no representan para el individuo sano normal un peligro para su salud. Al contrario, los microorganismos están en equilibrio con el resto de nuestro organismo, y la ruptura de ese equilibrio puede provocar el desarrollo de enfermedades infecciosas. Ejemplos de esos procesos podrían ser los problemas intestinales que se suceden tras la eliminación de flora bacteriana intestinal por el uso inadecuado de antibióticos, o la alteración de flora vaginal por una adecuada higiene o por tampones inadecuados, con la siguiente suplantación de Lactobacillus y otra flora normal por otros microorganismos patógenos (por ejemplo Staphylococcus aureus productores de toxinas).

La muestra de tracto respiratorio más remitida al laboratorio es el esputo, seguidos por los lavados bronquiales y broncoalveolares, espécimenes broncoscópicos, fluídos toracentésicos, y aspirados de traqueotomías y de lesiones pulmonares. Los esputos y la mayoría de los demás tipos de muestras suelen estar contaminados por la flora indígena de garganta, nariz y boca, por lo que se aconseja su rápido procesamiento para evitar que la posible flora patógena quede disminuida por el sobrecrecimiento de esa flora indígena.

La flora mayoritaria de los esputos son los estreptococos, Enterobacteriaceae, Moraxella catharralis, Pseudomonas aeruginosa y Candida albicans.

Las bronquitis (infecciones bronquiales agudas), que se observan mayoritariamente en niños y personas mayores al comienzo del invierno, suelen estar asociadas a infecciones por Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptoccus pyogenes, Haemophilus influenzae, y Miycoplasma pneumoniae, y Bordetella pertussis en el caso de que haya tosferina.

Los abscesos pulmonares suelen estar causados por pneumonías debidas a S. aureus y K. pneumoniae. También, por microorganismos aspirados a partir de la flora nasofaríngea, y en ese caso predominan Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas y Fusobacterium. Las lesiones de este tipo deben incluir siempre una tinción ácido-alcohol resistente para buscar ese tipo de organismos, así como la búsqueda de hongos.
 

En la boca se deben considerar la cavidad bucal, dientes, lengua, paladar y saliva. En esta región solemos encontrar S. aureus y S. epidermidis, así como sus variantes anaeróbicas. Varias especies de Streptococcus, particularmente S. salivarius y S, mitis, están ampliamente repartidas por toda la boca, con predominancia de algunas esopecies particulares en determinados sitios concretos. En la saliva suele ser común las cepas pigmentadas de especies de

Neisseria, Moraxella (Branhamanella) catharralis, Veillonella, corinebacterias aeróbicas, etc. Igualmente, podemos encontrar especies de enterobacterias como E. coli y K. pneumoniae en la saliva. Finalmente, en los dientes abundan especies bacterianas anaeróbicas.

En los casos de enfermedades de estos sitios, podremos encontrar una variedad todavía mayor de microorganismos, entre ellos los hongos filamentosos o no(p.ej. en pacientes debilitados o con quimioterapia), asi como virus.
 

Los micrococos son quizás los más representativos. S. aureus se aisla frecuentemente de nasofaringe y amígdalas. Las amígdalas pueden albergar estreptococos y enterococos. En la garganta adulta normal podemos encontrar especies de Neisseria (incluyendo N. meningitidis) y Streptococcus pneumoniae sin necesidad de correlacionar su presencia con enfermedad alguna.

Las enfermedades infecciosas de la garganta pueden estar causadas por muchos microorganismos. En algunos casos, estas infecciones comienzan por virus para rapidamente ser suplantados por bacterias y hongos. En muchos países Streptococcus pyogenes es el agente causal más importante, y su detección debe seguirse con terapia antimicrobiana para evitar sus posibles secuelas (fiebres reumáticas postestreptocócicas). Sin embargo, el hallazgo de Streptoccus pneumonie (pneumococos) debe tomarse como parte de la flora normal de los adultos. El papel de S. aureus es más controvertido ya que se encuentra en pequeño número en la garganta normal, aunque su aislamiento repetido y en número elevado puede sugerir que se trata del agente causal. Las infecciones por Candida suelen asociarse a regímenes quimioterápicos, a pacientes inmunocomprometidos, debilitados, o neonatos. Las faringitis virales suelen estar causadas por adenovirus, coxsackievirus, herpesvirus, rhinovirus y virus influenza o parainfluenza.
 

Es el sitio típico de predominio de los estafilococos, fundamentalmente S. aureus y S. epidermidis. Ocasionalmente podemos encontrar también Streptococcus pyogenes y S. pneumoniae, así como especies no patógenas de Neisseria, pero siempre tomando todas ellas como flora no residente sino ocasional o contaminante.

Estos aspectos de residencia o no son particularmente importantes y difíciles de apreciar en la flora de la nariz. Igualmente, la presencia de especies tipicamente fecales en niños no es infrecuente y debe tomarse como de contaminación.

En niños prematuros pueden aparecer infecciones por E. coli, P. aeruginosa y C. albicans, generalmente como indicación de una infección más generalizada. La ozena, una infección que puede provocar la atrofia de la mucosa nasal, está causada por BGNs, como varias especies de Klebsiella.

La peritonitis puede estar causada por muchos microorganismos diferentes, todos ellos de origen fecal, y a ella cooperan generalmente bacterias aerobias y anaerobias, gram positivas y gram negativas. La peritonitis puede dar lugar a la aparición de abscesos intraabdominales (pélvicos, retroabdominales, etc.). Todos ellos pueden mostrar una o varias especies de microorganismos, predominando las especies de Bacteroides, S. auresus, P. aeruginosa y E. coli.
 

Aunque la variedad de bacterias es enorme, predominan las especies anaeróbicas. Igualmente, el área geográfica del paciente, sus hábitos alimentarios y sanitarios, influyen decisivamente en el tipo de flora microbiana que puede aislarse.

Los microorganismos típicamente indígenas de esta parte del organismo son:

S. epidermidis y S. aureus, lactobacilos (particularmente en niños), Enterobacteriaceae, especies de los géneros Flavobacterium, Fusobacterium, Eubacterium, Propionibacterium, Bifidobacterium, Bacteroides, etc. y P. aeruginosa. Igualmente encontramos como flora normal gran variedad de protozoos como Enatmoeba histolitica, Trichomonas hominis, etc., y de hongos filamentosos y levaduras.

Las diarreas intestinales son una de las mayores causas de morbilidad en el mundo. Aunque muchas de ellas están causadas por bacterias y parásitos, en niños son particularmente una serie de virus como los de tipo Norwalk, los adenovirus "entéricos" y en particular los rotavirus. Adicionalmente en niños pequeños (hasta 2 años) son importantes los astrovirus y calicivirus.

Los agentes causales más comunes de las gastroenteritis son las salmonellas, shigellas, campilobacter y Helicobacter pylori. Adicionalmente, son importantes las especies de Vibrio (p.ej. Vibrio choleare), algunas cepas de E. coli que expresan ciertas toxinas (enterotoxigénicas) o con determinadas características (enteroadherentes, enteroagregativas, etc.).

También hay que tener en cuenta la posible infección ligada al consumo de alimentos, entre las cuales debemos citar las debidas a Bacillus cereus, Clostridium difficile, Aeromonas hydrophila y estafilococos, que causan vómitos y-o diarreas debidas a la producción de varias toxinas. Adicionalmente, sobretodo en niños, debemos tener en cuenta las patologías debidas a protozoos y helmintos, y Giardia.

Las enfermedades infecciosas más normales de la piel están causadas por estafilococos, como S. aureus en granos, y S. epidermidis y Propionibacterium acnes en el acné.

Los microorganismos aislados de heridas reflejan la flora del sitio donde se producen y la forma como se produce (p.ej. traumática, quirúrgica, etc.), así como el grado de contaminación del área que se perforó en el proceso.

Las heridas producidas por traumatismo generalmente se complican con la flora aeróbica indígena de la piel, en particular S. aureus y S. epidermidis, Streptococcus de grupo A, P.aeruginosa, E. coli, Proteus, y Acinetobacter. Entre la posible flora anaerobia asociada con heridas traumáticas están varias especies de Clostridium, en particular C. perfringens y C. tetani, que, en condiciones adecuadas pueden producir gangrena gaseosa. La inmunidad frente al toxoide tetánico delimita el riesgo.

Las infecciones postquirúrgicas podemos dividirlas en dos tipos. Las primeras se originan a partir de una intervención limpia, es decir realizada en las mejores condiciones de higiene posibles y sobre superficies corporales no fuertemente contaminadas. De estas heridas suelen aislarse estafilococos, enterococos o bacilos gram negativos, y raramente otros como Streptococcus pyogenes, corinebacterias, pneumococos, clostridios o Bacillus subtilis. El segundo grupo de infecciones provienen de intervenciones sobre áreas fuertemente contaminadas del organismo. Este tipo de infecciones, además del procedimiento quirúrgico, dependen en gran parte del estado de salud inicial del paciente, y están causadas por los microorganismos más abundantes del sitio concreto donde se realizó la intervención. Los microorganismos más frecuentemente asociados con estas infecciones son: E. coli, P. aeruginosa, Klebsiella-Enterobacter-Serratia, Acinetobacter, Bacteroides, etc.

Las contaminaciones bacterianas de heridas graves se consideran unas afecciones muy comprometidas y su tratamiento puede extenderse durante años. Aunque la flora más frecuentemente asociada es muy variada e incluye especies de enterococos, estafilococos y bacilos gram negativos, el ejemplo más frecuente y más difícil de erradicar es Pseudomonas aeruginosa.

Los microorganismos más aislados del oído son quizás Streptococcus pneumoniae y los bacilos gram negativos, incluida P. aeruginosa. El oído medio e interno se consideran áreas generalmente estériles, aunque en ocasiones puede colonizarse a través de la trompa de Eustaquio con flora nasofaríngea. Los microorganismos que afectan a estas partes son generalmente Streptococcus pyogenes, S. pneumoniae, S. aureus y P. aeruginosa.

No puede indicarse una regla a seguir sobre qué microorganismos se aislan más frecuentemente, dada la variedad de orígenes de los cultivos positivos, ni sobre la mayor o menor significación de encontrar uno u otro concreto. Ciertamente, en los últimos años, las especies de Staphylococcus aparecen muy frecuentemente y representan un procentaje importante de los aislamientos en sangre. A continuación podríamos incluir los bacilos gram negativos, comenzando por E. coli y siguiendo por sus parientes Klebsiella-Enterobacter, y tal vez a continuación Enterococcus, y Candida.

Desde el punto de vista de los virus, encontramos el VIH y los virus B y C de la hepatitis y los citomegalovirus. Muchos de esos virus persisten en las células pero también en circulación, por lo que es importante el riesgo de transmisión.

Los cultivos positivos a partir de LCR también pueden reflejar una gran variedad de condiciones. Además de la meningitis, los traumas, complicaciones infecciosas de la cirugía, abscesos craneales y espinales, etc. pueden ser el origen de cultivos positivos.

Las causas de meningitis pueden ser muy variadas, y no sólo bacterianas, y dependen mucho del tipo de paciente que se considere. Entre las bacterias, existen infecciones sistémicas que pueden afectar a las meninges, incluyendo las salmonelosis, neumonías por pneumococos y por Haemophilus influenzae, tuberculosis, septicemias de recién nacidos por Acinetobacter, candidiasis generalizadas, y sepsis por practicamente cualquier bacilo gram negativo, particularmente E. coli y P. aeruginosa. La meningitis neonatal está mas frecuentemente causada por Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B), y en niños más mayores podemos aislar Haemophilus influenzae serotipo B, Escherichia coli K1 y Neisseria meningitidis, mientras que en adultos predomina Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, y el neumococo.

Las meningitis pueden ser causadas también por varios tipos de virus. Algunos de ellos se recogen de meningitis "asépticas" como enterovirus (coxsackievirus y ecovirus) y el virus de las paperas. Otros están asociados a las verdaderas encefalitis, como el virus de la rabia, aunque se aislan menos frecuentemente.

Finalmente, como aislamientos que podemos encontrar están los hongos (Cryptococcus neoformans) y los parásitos como Toxoplasma gondii.