Els instituts universitaris de recerca són centres dedicats a la recerca científica i tècnica o a la creació artística. Podran organitzar i desenvolupar programes i estudis de doctorat i de postgrau segons els procediments previst en els estatuts i proporcionar assessorament tècnic a l'àmbit de les seves competències.

Instituts mixtos

• IFISC, Institut de Física Interdisciplinària i Sistemes Complexos 
  (UIB - Consell Superior d'Investigacions Científiques)
• IMEDEA, Institut Mediterrani d'Estudis Avançats 
  (UIB - Consell Superior d'Investigacions Científiques)
• INAGEA, Institut d'Investigacions Agroambientals i d'Economia de l'Aigua
  (UIB - Govern Balear - Institut Nacional d’Investigació i Tecnologia Agrària i Alimentària (INIA))

Instituts propis

• IAC³, Institut d'Aplicacions Computacionals de Codi Comunitari de la UIB
• IEHM, Institut d’Estudis Hispànics en la Modernitat
• IRIE, Institut de Recerca i Innovació Educativa
• IUNICS, Institut Universitari d'Investigacions en Ciències de la Salut